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1658年（清顺治十五年），祖籍浙江的白光、主峰两位法师来到武汉太平兴国寺（现龟山南麓莲花湖畔）研读藏经。两位法师为同胞兄弟，系禅宗曹洞传嗣。 

1659年，白光、主峰两位法师于汉阳王氏葵园建造禅寺。

1660年，禅堂落成。

1662年，白光法师离开了归元禅寺前往京山重兴古佛寺。留下《临别酬咏》，成为了归元禅寺开创初期“清规”的重要组成部分。

1664年，主峰成为归元禅寺的第一任方丈。

1678年，主峰圆寂。

1683年，白光圆寂。

1690年，翰林周金然前往湖广主持乡试时，谒方丈旦升上人，并撰写《归元寺记》。

1850年，始建五百罗汉堂。

1852年，（太平天国运动期间）归元禅寺遭太平军兵燹，禅堂寮舍尽毁。

1858年，归元禅寺住持雪严常禧诸师广募众缘，归元禅寺基本恢复原貌。 

1868年，钟鼓楼重建。

1887年，归元禅寺得清朝光绪皇帝敕赐的“归元禅寺”四字匾额以及《龙藏》一部。

1902年，罗汉堂重建，保存至今。

1911年，10月武昌首义爆发。清军攻破汉阳后，摧毁了寺内大雄宝殿、禅堂等建筑，仅五百罗汉堂、老藏阁、普同塔三处幸免于兵祸。

1912年，归元禅寺募化重建，到1922年，归元禅寺恢复原貌，寺庙格局保存至今。

1956年，归元禅寺被列为省级文物保护单位。

“文革”期间，为了让归元禅寺免于动乱的浩劫，归元禅寺第四十八任方丈昌明法师上书周恩来总理要求保护归元禅寺。

1980年12月21日，新加坡总理李光耀参观归元禅寺。

1983年，归元禅寺被国务院确立为首批全国汉族地区重点佛教寺庙。

1984年，日本首相中曾根来访。

​1986年6月，比利时王子菲斯特来访。

2001年，归元禅寺被国家旅游局确定为首批4A级旅游风景区。

2004年，张德江、罗清泉、程康彦视察归元禅寺。

2005年1月22日，原国务院副总理钱其琛视察归元禅寺。

2007年1月28日，归元禅寺第四十八任方丈昌明老和尚圆寂。

2007年，前国家领导人江泽民同志视察归元禅寺并题词“爱国利民”。

2010年4月5日，全国政协民族宗教委员会副主任周明甫一行、省市民宗委相关领导参观考察归元禅寺。

2010年4月14日，前中央政治局常委、全国政协主席贾庆林视察归元禅寺。

2010年11月6日，吉林省政协副主席徐学海一行至归元禅寺做参观视察工作。

2011年，汉阳归元庙会入选第三批中国非物质文化遗产名录。

2013年10月30日毛新宇将军参观归元禅寺。

2015年11月7日，归元禅寺隆重举行隆醒大和尚晋院仪式。